Las centrifugadoras se utilizan en los laboratorios con fines de investigación, para separar determinadas partes de una célula o ADN, comúnmente utilizadas en biología molecular para realizar análisis de sangre, por otro lado, se utilizan para la producción de combustible, donde las centrifugadoras separan el producto de los sedimentos; una aplicación muy importante es la separación del ucranio 235 del uranio 238.
También sirven para cuantificar el grado de grasa o nata que contiene la leche, para la elaboración de aceite de oliva, ya que se introducen en la centrifugadora horizontal, donde se separa el aceite del resto de componentes; muy utilizadas en laboratorios de control y fábricas donde elaboran zumos donde controlan el nivel de su pulpa; se utilizan en laboratorios donde separan el plasma del suero sanguíneo; permitiendo la utilización de accesorios para centrifugadoras según el análisis o investigación que se requiera para elaborar cremas, mantequillas, entre otros productos.